- Отдел правового обеспечения государственной службы и кадров
- Отдел организации и оперативного контроля, надзора в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов
- Калининградский межрайонный отдел государственного контроля, надзора, охраны водных биологических ресурсов и среды их обитания
- Куршский межрайонный отдел государственного контроля, надзора, охраны водных биологических ресурсов и среды их обитания
- Отдел финансово-экономической работы и обеспечения деятельности
- Отдел организации рыболовства, согласования размещения объектов хозяйственной деятельности и надзора за воспроизводством водных биологических ресурсов и среды их обитания
- Согласования размещения объектов хозяйственной деятельности и надзора за воспроизводством водных биологических ресурсов
- Отдел мобилизационной подготовки и защиты государственной тайны
- Аттестация экспертов